Кроме чистки Windows, CCleaner также умеет проводить удаление временных и др. ненужных файлов многих других программ, включая: Firefox, Opera, Media Player, eMule, Kazaa, Google Toolbar, Netscape, Office XP, Nero, Adobe Acrobat, WinRAR, WinAce, WinZip и др...

CCleaner был сделан для безопасного использования. Он имеет множество уровней проверки безопасности, для того чтобы быть уверенным, что не будет удалено ничего нужного и полезного. Для очень подозрительных и осторожных пользователей предусмотрена также система резервных копий.

CCleaner, в зависимости от настроек, чистит следующие компоненты Windows:
1. Internet Explorer

• Временные файлы интернета
• Историю URL
• Файлы "Cookies"
• Скрытые файлы Index.dat
• Местонахождение последних закачек
• Автозаполнения форм

2. Корзину
3. Буфер обмена
4. Временные файлы Windows
5. Файлы журналов Windows
6. Недавние документы
7. Выполнить (в меню "Пуск")
8. Историю помощника поиска Windows XP